মাদরাসার সংক্ষিপ্ত ইতিহাস -১৩৫২ হিজরি মোতাবেক ১৯৩২ সালে এ জামেয়ার শুবযাত্র শুরু হয়।প্রথমে মাও:ফারজান আলী (র:) এর পরিচালনায় ইলমে দ্বীনের শিক্ষা দান চলতে থাকে। কিছুদিন পর তার যাত্রা স্তিগিত হয়ে যায়।১৯৫২ সালে সর্বসম্মতিক্রমে মাদরাসা পরিচালনার দায়িত্ব আর্পিত হয়।খালিফায়ে মাদানী আল্লামা গাফফার শায়েখে মামরখানি (রহ:) এর উপর। এ মহান আলীম ৪৪ বসরেরে ও বেশি সময় এ মাদরাসা সুস্ঠভাবে পরিচালনা।তার বিরামহীন সাধনা ও মহান প্রভুর নিকট অশেষ কান্নার ফসল হল এ জামিয়া , যা দীর্ঘ ৮০ বসর থেকে মহান আল্লাহর প্রকৃত ধর্ম ইসলামের খেদমত করে আসছে। আবশেষে ০৬/০৪/১৪২৩ হিজরী ১৮/০৬/২০০২ ঈসায়ী সালে এ মহান আল্রাহর সান্নিধ্যে পরকালে গমন করেন। তার ইন্তেকালের পর থেকে অদ্যাবধি জামেয়া পরিচানার দায়িত্ব পালন করে আসছেন অত্র মাদরাসার সুদীর্ঘ কালের শায়খুল হাদীস আল্রামা মকদ্দাস আলী (দা:বা:)।
পরিকল্পনা ও বাস্তবায়নে: মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ, এটুআই, বিসিসি, ডিওআইসিটি ও বেসিস